El assay violin es una herramienta utilizada en análisis de datos para representar la densidad de una variable continua en un gráfico. Es similar a un gráfico de violín, pero en lugar de mostrar valores positivos y negativos, muestra la densidad de los datos en una sola dirección. Esta representación es especialmente útil cuando se trabaja con conjuntos de datos grandes y se desea visualizar la distribución de una variable continua.
Contorno de densidad
En Graph Builder, el elemento de Contorno muestra regiones de densidad (o contornos de valor cuando se utiliza con una variable de color). Los contornos de densidad son útiles cuando se tiene un gráfico de dispersión con muchos puntos donde la masa de puntos dificulta ver los patrones de densidad. Hay varios tipos de contornos disponibles. El predeterminado es una superficie de densidad bivariada no paramétrica suave que se ajusta para reflejar la densidad de los puntos de datos. La superficie de densidad no paramétrica estima la función de densidad de probabilidad bivariada en cada punto, proporcionando un análogo continuo de un histograma bivariado.
- Para dos variables continuas, se trazan cuatro contornos de forma predeterminada. Estos contornos son contornos de densidad del 100%, 75%, 50% y 25%. Se puede especificar el número de niveles de contorno a mostrar. Alternativamente, se puede seleccionar un Bagplot o contornos de Región de Alta Densidad (HDR).
- Para una sola variable continua, en lugar de un gráfico de contorno se muestra un gráfico de violín. Un gráfico de violín ilustra la densidad de los datos trazando densidades de kernel simétricas alrededor de un eje vertical común. La densidad de kernel estima la función de densidad de probabilidad en cada punto, proporcionando un análogo continuo del histograma. El gráfico de violín es similar a un diagrama de caja con densidades de kernel simétricas reemplazando la caja y los bigotes. Alternativamente, se pueden seleccionar contornos de Región de Alta Densidad (HDR).
- Si se agrega una variable de color a un gráfico de contorno, el gráfico muestra contornos de valor que reflejan los niveles de la variable de color. Los contornos de valor se calculan utilizando la triangulación de Delaunay. Se puede seleccionar una opción (Transform) para mostrar un gráfico donde los rangos de X e Y se han normalizado.
Opciones de contorno
Las opciones de contorno permiten personalizar la apariencia del gráfico de contorno o de violín. Algunas de las opciones incluyen:
Relleno
Rellena los contornos con color.
Línea
Añade líneas alrededor de los contornos.
Número de niveles
Para contornos de densidad, especifica el número de contornos que aparecen. El número puede estar entre 1 y 1000, y el valor predeterminado es de 4 contornos.
Límite
Añade una línea alrededor del límite exterior del contorno.
Alfa
Controla la forma de los contornos de valor. Aumentar el alfa puede eliminar algunos de los triángulos largos, delgados o grandes donde la interpolación puede ser indeseable.
Suavidad
Suaviza los límites de los gráficos de contorno. El valor de suavidad se normaliza entre -1 y 1 y se interpreta como el radio del kernel suavizador. Los datos originales se interpolan en una cuadrícula y luego se aplica un suavizador gaussiano.
Transformación
Transforma la triangulación para usar una escala normalizada para X e Y seleccionando range normalized. Esto hace que tanto los valores de X como de Y se escalen a [0,1] antes de calcular la triangulación de Delaunay. Esta opción puede ser deseable en casos donde las unidades de X e Y son muy diferentes.
¿Por qué muestra valores negativos el gráfico de violín?
El gráfico de violín muestra valores negativos en el extremo inferior debido al uso de núcleos gaussianos en la estimación de la densidad. Esto puede resultar confuso cuando se trabaja con conjuntos de datos de la vida real que no contienen valores negativos.
Tener en cuenta que el gráfico de violín es una representación visual de la densidad de los datos, no de los valores individuales. Los valores negativos que se muestran en el gráfico de violín no significan necesariamente que haya valores negativos en los datos reales, sino que son una representación de la densidad estimada por el núcleo gaussiano.
Si se desea evitar la aparición de valores negativos en el gráfico de violín, se puede considerar el uso de otra biblioteca en Python que permita especificar un núcleo diferente para la estimación de la densidad. Sin embargo, tener en cuenta que esto puede afectar la precisión de la estimación de la densidad y la interpretación de los datos.
Consultas habituales sobre el assay violin
¿Cuándo es útil utilizar un gráfico de violín en lugar de un gráfico de contorno?
El gráfico de violín es especialmente útil cuando se desea visualizar la densidad de una variable continua en una sola dirección. Mientras que el gráfico de contorno muestra la densidad en dos dimensiones, el gráfico de violín muestra la densidad en una sola dirección, lo que puede ser más adecuado en ciertos casos.
¿Qué otras bibliotecas en Python se pueden utilizar para crear gráficos de violín?
Además de seaborn, existen otras bibliotecas en Python que permiten crear gráficos de violín, como matplotlib y plotly. Cada biblioteca tiene sus propias ventajas y desventajas, por lo que es recomendable probar diferentes bibliotecas y elegir la que mejor se adapte a las necesidades del análisis de datos.
¿Se pueden crear gráficos de violín con valores categóricos?
Sí, es posible crear gráficos de violín con valores categóricos. En lugar de utilizar una variable continua en el eje Y, se puede utilizar una variable categórica. Esto permite visualizar la distribución de una variable categórica en función de otra variable categórica o continua.
¿Qué información proporciona el gráfico de violín?
El gráfico de violín proporciona información sobre la distribución de una variable continua, incluyendo la mediana, los cuartiles y los valores atípicos. Además, muestra la forma de la distribución de los datos, ya sea simétrica, asimétrica o multimodal.
El assay violin es una herramienta útil para visualizar la densidad de una variable continua en un gráfico. Tanto el gráfico de contorno como el gráfico de violín permiten analizar la distribución de los datos y detectar posibles patrones o anomalías. Tener en cuenta que el gráfico de violín puede mostrar valores negativos en el extremo inferior debido al uso de núcleos gaussianos en la estimación de la densidad. Sin embargo, esto no significa necesariamente que haya valores negativos en los datos reales. Al utilizar el assay violin, es recomendable considerar diferentes bibliotecas en Python y explorar las opciones de personalización disponibles para adaptar el gráfico a las necesidades del análisis de datos.
Si quieres conocer otros artículos parecidos a Assay violin: herramienta para visualizar la densidad de una variable continua en gráficos puedes visitar la categoría Violín.
