Cómo hacer una violin plot en r

Una violin plot es una representación gráfica que combina un boxplot con una gráfica de densidad. Esta visualización es útil para comparar la distribución de diferentes grupos o categorías en un conjunto de datos. En R, podemos crear una violin plot utilizando la biblioteca ggplot2 y la función geom_violin(). En este artículo, aprenderemos cómo hacer una violin plot en R y cómo personalizarla según nuestras necesidades.

Utilizando ggplot2

La biblioteca ggplot2 nos ofrece una forma sencilla de crear violin plots en R. Para comenzar, debemos asegurarnos de tener instalada la biblioteca ggplot2 en nuestro entorno de R. Si no lo tenemos instalado, podemos utilizar el siguiente comando para instalarlo:

install.packages( ggplot2 )

Una vez que tenemos ggplot2 instalado, podemos cargar la biblioteca en nuestra sesión de R utilizando el siguiente comando:

library(ggplot2)

Para crear una violin plot en R, necesitamos tener un conjunto de datos adecuado. Supongamos que tenemos un conjunto de datos llamado datos con dos variables: grupo y valor. Queremos comparar la distribución de los valores para diferentes grupos en nuestra violin plot.

Podemos utilizar la función geom_violin() de ggplot2 para crear la violin plot. A continuación se muestra un ejemplo de cómo hacerlo:

ggplot(datos, aes(x = grupo, y = valor)) + geom_violin()

En este ejemplo, pasamos el conjunto de datos datos como primer argumento a la función ggplot(). Luego, utilizamos la función aes() para mapear las variables grupo y valor a los ejes x e y, respectivamente. Finalmente, llamamos a la función geom_violin() para agregar la violin plot a nuestro gráfico.

Podemos personalizar nuestra violin plot añadiendo más capas de geometría y ajustando los parámetros estéticos. Por ejemplo, podemos agregar un boxplot a nuestra violin plot utilizando la función geom_boxplot(). También podemos cambiar los colores de las violines y los boxplots, agregar etiquetas de ejes y títulos, entre otras opciones de personalización.

Utilizando base R

Si preferimos utilizar la biblioteca base de R en lugar de ggplot2, también podemos crear una violin plot. La función base de R para crear una violin plot es violinplot(). A continuación se muestra un ejemplo de cómo hacerlo:

violinplot(valor ~ grupo, data = datos)

En este ejemplo, pasamos el conjunto de datos datos como segundo argumento a la función violinplot(). Luego, utilizamos la fórmula valor ~ grupo para especificar que queremos comparar la distribución de los valores para diferentes grupos. Finalmente, llamamos a la función violinplot() para crear la violin plot.

Al igual que con ggplot2, podemos personalizar nuestra violin plot utilizando diferentes parámetros y opciones de la función violinplot(). Por ejemplo, podemos cambiar los colores de las violines, agregar etiquetas de ejes y títulos, entre otras opciones de personalización.

Cómo cambiar el orden de las parcelas de violín en Ggplot

Por defecto, ggplot2 representa los vectores de caracteres en orden alfabético. Si queremos cambiar el orden de las parcelas de violín en nuestra violin plot, podemos utilizar la función dplyr para crear una columna como factor() y especificar los niveles deseados. Luego, ggplot2 representará los datos en el orden que hemos especificado.

A continuación se muestra un ejemplo de cómo cambiar el orden de las parcelas de violín en ggplot utilizando la función factor() y la función mutate() de dplyr:

df1 <- df1 %>%  mutate(Model = factor(Model, levels = c( observed,  svm,  grid_svm,  mars,  grid_mars,  rf,  grid_rf )))ggplot(df1, aes(x = Model, y = Pb)) + geom_violin(trim = FALSE, fill =  palegreen ) + geom_boxplot(width = .12, fill =  orange, outlier.color =  orange, outlier.size = 2) + labs(title =  distribución de adsorción de pb por modelos en la fase de prueba ) + xlab( modelos ) + ylab( distribución de adsorción de pb ) + theme_classic() + theme( plot.title = element_text(size = 12, colour =  black, face =  bold ), axis.title.x = element_text(size = 12, colour =  black, face =  bold ), axis.title.y = element_text(size = 12, colour =  black, face =  bold ), axis.text.x = element_text(face =  bold, color =  darkblue, size = 12, angle = 0), axis.text.y = element_text(face =  bold, color =  black, size = 12, angle = 0) )

En este ejemplo, utilizamos la función mutate() para crear una nueva columna llamada model en el conjunto de datos df1. Luego, utilizamos la función factor() para convertir la columna model en un factor y especificamos los niveles deseados en el orden que queremos. Finalmente, utilizamos la función ggplot() para crear nuestra violin plot y personalizarla según nuestras preferencias.

Consultas habituales

• ¿Qué es una violin plot?

Una violin plot es una representación gráfica que combina un boxplot con una gráfica de densidad. Esta visualización muestra la distribución de los datos en diferentes grupos o categorías.

• ¿Cómo puedo instalar la biblioteca ggplot2?

Puedes instalar la biblioteca ggplot2 utilizando el siguiente comando en R: install.packages( ggplot2 )

• ¿Puedo personalizar una violin plot en R?

Sí, puedes personalizar una violin plot en R utilizando diferentes opciones y parámetros de las funciones geom_violin() y violinplot(). Por ejemplo, puedes cambiar los colores, agregar etiquetas de ejes y títulos, entre otras opciones.

Una violin plot es una herramienta útil para comparar la distribución de diferentes grupos o categorías en un conjunto de datos. En R, podemos crear una violin plot utilizando la biblioteca ggplot2 o la función violinplot() de base R. Con estas herramientas, podemos personalizar nuestras violin plots según nuestras necesidades y preferencias.

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